Desa Motongkad pada mulanya adalah perkebunan yang asal-usul penduduknya berasal dari moyag. Pada tahun 1901 dibuka Desa Motongkad dengan Sangadi pertama yakni Bonji Mokoagow. Asal nama Desa Motongkad diambil dari nama sungai Desa Motongkad. Kata Motongkad ini berasal dari kata Monongkad yang artinya berjalan cepat-cepat. Sebelum desa ini didirikan tidak ada nama lain.

Desa ini diberi nama Motongkad sejak berdirinya pada tahun 1901 sampai dengan sekarang. Seiring dengan tingkat perkembangan penduduk yang semakin padat, pada tahun 2006 Desa Motongkad mekar menjadi 2 (dua) Desa otonomi yaitu Desa Motongkad dan Desa Motongkad Utara. Desa Motongkad seperti yang sudah dijelaskan diatas baawa masyarakat pada umumnya adalah Petani, Nlayan, Tukang, dan keahlian yang dimiliki oleh yang lainnya.

Dari penjelasan diatas bahwa Pemerintah Desa dan seluruh eleman masyarakat bersatu menjadi komponen besar untuk mencapai dan membantu Pemerintah Daerah dalam meningkatkan pembangunan diberbagai bidang. Adapun bentuk dukungan masyarakat kepada pemerintah daerah dengan adanya pemerintahan desa Motongkad yang pada tanggal 3 September 2006 – 3 September 2009 sejak dimekarkan dipercayakan kepada bapak Agusalam Ridjal Abraham Masih dipercayakan untuk menjadi pejabat ( Sangadi ) sementara sampai pada tanggal 22 April 2015 dan kemudian digantikan oleh bapak Rahmat Mokoagow. Dan pada Tahun 2013 Desa Motongkad dimekarkan lagi dari satu Dusun yaitu Dusun III menjadi satu desa yakni Desa Motongkad Selatan dan satu Dusun telah dimekarkan menjadi satu Dusun yang ada di Desa Motongkad Tengah.

Selanjutnya setelah berakhirnya kepemimpinan dari Bapak Rahmat Mokoagow sebagai Pejabat Sangadi ) dan sebagai Sangadi Terpilih, pada tahun 2022 selanjutnya dilanjutkan oleh Pejabat Sangadi ) Bapak Haedar Palengkahu sejak Desember 2022 sampai dengan sekarang.